主に、新葉に黄色の斑点や緑色濃淡のモザイク症状が生じたり、葉脈に沿って緑色が濃くなったり淡くなったりします。
また、葉や実が奇形になることもあります。特に、実の皮が赤色系の品種は、赤色色素が合成できずに緑色のまだら模様になり、健全ではないことがすぐにわかります。
実の皮が緑色や黒色の品種は、皮の色の変化が少ないのでわかりにくいですが、凸凹にはなります。
モザイク病にかかった実を食べることはできますが、食味は落ちる（味が薄い）と言われています。