「黒かび病」と考えられます。
皮をむいて黒カビ部分をよく洗い落として調理すれば、人体に対する毒性はなく食べても問題ありません。
堆肥や土の中にも普通に存在する菌類（カビなど）で、予防することは難しく、薬剤での防除もあまり効果がありません。
気温が30℃以上になって、梅雨のときなど多湿条件が続くと広がります。
茶色の薄皮のすぐ下に発生するだけで、タマネギの球の内部に入り込むことはありません。
広がりを抑えるために、タマネギを収穫後、十分乾燥させ、風通しのよい涼しい場所で保存するようにします。